さくらインターネットのWordPressインストールマニュアルに *.php のパーミッションを 705 にしろと書かれてますが、インストールマニュアルにあるように何かソフトウェアを使うのはなにかと面倒です。ファイルを転送した後、端末で、例えばカレントディレクトリ以下の全ての PHP ファイル (*.php) のパーミッションをまとめて705に変更する場合は
$ find ./ -name \*.php | xargs chmod 705
とやると、 *.php のパーミッションを 705 に変更できて幸せになれると思います。[Linux]特定のディレクトリ以下の特定のファイルのパーミッションを変更する方法を参考にしました。
※追記。一括であるディレクトリ(hogehoge)以下の全てのディレクトリのパーミッションを705に変更するには
$ find hogehoge -type d -print | xargs chmod 705
あるいは、
$ find hogehoge -type d -exec chmod 705 {} \;
とすれば良い。find + chmodでパーミッションの一括変更を参考にしました。